REORGANIZACION DE LA ADMINSTRACIONCOLONIAL EN AMERICA
Felipe II, le nombró virrey del Perú en 1568 con el fin de consolidar los derechos y privilegios reales frente a los encomenderos y poner término a las sublevaciones de los indios. Tomó posesión del cargo en noviembre de 1569, sustituyendo al virrey interino Lope García de Castro. Inició su gobierno llevando a cabo una visita al virreinato, gracias a la cual pudo conseguir información sobre la demografía del territorio y la organización administrativa incaica. El virrey Toledo es considerado el organizador del virreinato peruano, ya que estableció las bases de lo que sería el sistema colonial en el Perú, especialmente a través de las llamadas Ordenanzas del virrey Toledo, redactadas por los juristas Juan de Matienzo y Juan Polo de Ondegardo. Durante su mandato, centralizó los aspectos esenciales de la administración colonial, reguló la encomienda y la mita, convirtiendo a esta última en una forma de garantizar mano de obra barata para distintas actividades, especialmente para el desarrollo de la actividad minera en Potosí y en Huancavelica (cuya ciudad fue fundada a instancias suyas en agosto de 1570 con el nombre de Villarrica de Oropesa). Asimismo, ordenó a la población indígena en un sistema de pueblos de indios bajo un patrón español que recibieron el nombre de reducciones.
REFORMAS
LA IMPLANTACIÓN DE LA ENCOMIENDA
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El establecimiento legal de las encomiendas o de los repartimientos de indios surgió de una Real Provisión de 20 de diciembre de 1503, en la que se establecía la libertad de los indios, su obligación de convivir con los españoles y la de trabajar para ellos a cambio de salario y manutención, junto con la obligación de los encomenderos de educar a los naturales en la fe cristiana. Este documento, elaborado con el consejo de expertos letrados, juristas y teólogos, pretendía garantizar la mano de obra necesaria para explotar las minas y asegurar el asiento de una población castellana que afianzara la colonia recién descubierta. Mostraba, asimismo, la intención monárquica de legitimar sus decisiones y de que sus actuaciones fueran “conformes a derecho humano y divino”.
El sistema de la encomienda, implantado inicialmente en la isla de La Española, constituía una delegación del poder real en el encomendero para recoger el tributo y usar los servicios personales de los indios, pero la monarquía, que velaba por sus propios intereses, no hizo nunca concesión de este derecho a perpetuidad, excepto en México con Hernán Cortés.

LAS LEYES DE BURGOS
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Pocos días antes de la Navidad de 1511, fray Antonio de Montesinos pronunció un sermón ante las autoridades de La Española que atacaba duramente el sistema de la encomienda y cuestionaba la legitimidad de la soberanía castellana sobre aquellas tierras. Su denuncia y la polémica que desató tuvieron amplio eco en España. Desde el verano de 1512, se reunió en Burgos una Junta de expertos para debatir y pronunciarse sobre el problema. El 27 de diciembre de 1512, se promulgaron las Reales Ordenanzas dadas para el buen regimiento y tratamiento de los indios, más conocidas como Leyes de Burgos, que constaban de 35 artículos, a los que se sumaron cuatro preceptos dictados el 28 de julio de 1513 en Valladolid.
LAS LEYES NUEVAS Y EL FINAL DE LA ENCOMIENDA
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El Repartimiento General de 1514, también conocido como Repartimiento de Alburquerque, vino a agravar aún más la situación. Por las instrucciones de 4 de octubre de 1513, se dio poder a los repartidores Pedro Ibáñez de Ibarra y Rodrigo de Alburquerque para encomendar los indios en nombre del rey y conceder a los futuros beneficiarios del repartimiento el derecho a la encomienda por dos vidas, es decir, por la vida del encomendero y la de un heredero. Asimismo, dejaban al arbitrio de los repartidores el poder trasvasar población indígena de un poblado a otro, lo que provocó el cambio de trabajo y de dueño y el subsiguiente desarraigo de muchos indios.